Arjan Ndoja është prokuror në Prokurorinë e Rrethit Durrës prej vitit 2008. Ai u rikthye në sistemin e Prokurorisë nga ish-kryeprokurorja Ina Rama. Më herët ai ishte shkarkuar nga detyra nga paraardhësi i saj, Theodhori Sollaku. Gjatë periudhës 4 vjeçare që nuk ishte prokuror Ndoja ushtroi funksionin e avokatit, ku mbrojti emra të njohur të botës së krimit. Në këtë periudhë ai shtoi pasurinë e tij me 740 mijë euro.
Në vitin 2008 ai u kallëzua nga ILDKPI për deklarim të rremë të pasurisë, por Prokuroria në atë kohë e pushoi procedimin penal. Pas këtij vendimi, Prokuroria e Përgjithshme ndërpreu edhe pezullimin e përkohshëm nga detyra duke e rikthyer në pozicionin e prokurorit.
Prokurori Arjan Ndoji ka qenë nën akuzat e zv.kryeministrit Erjon Braçe se ka ushtruar presion gjatë hetimeve për regjistrimin e disa pronave në Durrës, çështje për të cilat u arrestua edhe ish drejtori i Kadastrës së Durrësit, Liridon Pula.
Ndërkohë para pak kohësh ka qenë kryeministri Edi Rama ai që ka hedhur akuza të drejtpërdrejta ndaj prokurorit pasi sipas tij, ai bashkëpunon me persona të botës së krimit dhe ushtron presinon ndaj administratës shtetërore.
